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你网站用的什么系统做的，织梦被挂马多一些，应为用户量大。不能单纯的把清理文件把备份回复一下。
1、后台-系统-数据库备份/还原，数据备份。
2、去织梦官网下载对应编码的最新织梦程序包
3、下载的织梦程序删除用不到的文件夹和文件
member 会员文件夹
special 专题文件夹
install 安装文件夹
Robots.txt 文件
4、百度下个D盾查一下你从服务器下载的文件
5、处理过的以下文件和文件夹复制到你第一步处理过的官方最新程序而且删除和修复漏洞的那个文件夹对应的位置里
/data/
/data/
/include/
/include/
/templets/你的模板文件夹
/uploads
其他你曾经二次开发修改过的文件
还有可能你的模板关联的css 和 JS 和 images图片
打包备用
6、清空服务器上网站根目录文件，数据库不用清理，上传刚打包的文件解压
7、后台，打开 系统-系统设置-基本参数，点击确认一次，更新栏目缓存，更新系统缓存，再去生成全站
服务器安装安全防护软件，设置PHP引用条件，设置保护目录。
找公司的技术人员处理。
很有可能你的服务器被入侵
同意楼上的观点 自己不会找专业人员处理 花点钱
很有可能你的服务器被入侵，项目文件被修改了。
先更换一下服务器密码，设置登录ip限制，然后把项目文件重新部署一次。
自己不会的话 最好找专业人员看看
