同服务器不同IP多个网站收录混乱了(悬赏18元)

如题，是怎样混乱的呢，假如这个台服务器有6个不同站点，类型相同，但是模板标题域名等等全部不同，IP也不同，每个域名对应一个IP

前段时间发现站点A搜狗收录下降，关键词也没了，站点B百度关键词下降，siteB的时候发现好像也基本是降权了，就仔细看了一下，发现两个问题

一、站点A搜狗索引消失，我在搜索A域名的时候首页还在，其他消失，但是在siteA域名的时候出现的是站点C的首页和描述，但域名是A的域名，并且只有这一条。在搜索站点C的域名和siteC域名都是正常的，也就是说C域名完全正常，但A域名不知道为啥和C域名有瓜葛了，站点A和C都是完全独立的IP，环境是相同ng+php，程序不同，模板不同，互相也没有交换友链；

二、站点B出现的问题和上述差不多，不过是在百度上面出现的，且有部分刚好相反，在百度B域名的时候出现了站点C的首页，siteB域名的时候正常但没有首页，然后站点B更奇特的是顶级域名直接解析到和www相同的IP下，访问的时候竟然会直接访问到站点C，观察了一下午好想是ssl的问题，重新部署了站点C的ssl，确定没有站点B，也重新解析了站点B，确定除了顶级和二级没有别的解析生效了，然访问站点B的顶级就会跳转到站点C的页面上，访问站点B的www就正常；

服务器6个IP全部绑定到默认站点做了444，站点只绑定了二级和顶级域名，别无其他，ssl用的宝塔默认的三个月，解析用的namesilo默认的和dns.cn，都看过没有问题

目前站点B只做了www解析，顶级没有解析，ssl也只有www，顶级做sll文件验证和dns验证都通不过，都会跳转到站点C，什么重定向都检查过没重定向错，站点B顶级重定向到www也无效，301不过去，做301还是会到站点C

请教各位大佬，这是哪里的问题，难道是非站群服务器额外增加IP的问题？或者是网站某个文件的事？还是DNS或者ssl哪个环境？我检查过都没啥问题呀。。。重装不太现实，因为目前都在正常运行，请各位大佬指点一下从哪检查问题！不胜感激！